Հատուկ կարիքներ ունեցող, օրինակ նյութափոխանակության ժառանգական խանգարումներ ունեցող երեխաների համար ստեղծված են հատուկ կաթնախառնուրդներ: Դրանք պիտակավորվում են որպես «ոչ լիարժեք», պիտանի չեն առողջ մանուկների համար, և մոր հետ պետք է քննարկել միայն այն դեպքում, եթե երեխան բժշկական ցուցում ունի այդ հատուկ կաթնախառնուրդով սնվելու:

Սոյայի հիմքով կաթնախառնուրդների ստացման համար որպես սպիտակուցի աղբյուր օգտագործվում է մշակված սոյան: Այն արտադրվում է փոշու ձևով: Սովորաբար այն լակտոգա չի պարունակում, և փոխարենը այլ շաքար է ավելացված: Նորածինները, որոնք անհանդուրժողականություն ունեն կովի կաթի սպիտակուցի նկատմամբ, կարող են անհանդուրժողականություն ունենալ նաև սոյայի սպիտակուցի նկատմամբ:

Սոյայի հիմքով պատրաստված մանկական կաթնախառնուրդների անվտանգությունը կասկածելի է: Հատկապես անհանգստացնող են այդ կաթնախառնուրդներում ֆիտոէստրոգենների խիստ բարձր պարունակությունը, գենետիկորեն մոդիֆիկացված սոյայի հնարավոր առկայությունը, գլյուկոզայի բարձր քանակությունը, որոշ մետաղների, օրինակ` ալյումինի խիստ բարձր պարունակությունը: Ֆիտոէստրոգենների հնարավոր բացասական կողմնակի էֆեկտներն են քաղցկեղի քանակի բարձրացումը, ԴՆԹ-ի կառուցվածքային փոփոխությունները, վաղ թելարխեն, պտղաբերության խնդիրները, լյարդի հիվանդությունները և այլն:

Ցածր քաշով ծնված կամ անհաս երեխաների կաթնախառնուրդն արտադրվում է սպիտակուցի և որոշ հանքային աղերի ավելի բարձր պարունակությամբ և ածխաջրատի ու ճարպերի այլ խառնուրդով, քան հասուն երեխաների համար նախատեսվածը:

Հատուկ կաթնախառնուրդներ կան նախատեսված այնպիսի վիճակների համար, ինչպիսիք են ռեֆլյուքսը, բարձր էներգետիկ պահանջարկը, լակտազային անբավարարությունը, ալերգիկ վիճակները և մետաբոլիկ հիվանդությունները, օրինակ ֆենիլկետոնուրիան: Այդ ֆորմուլաները տարբերվում են մեկ կամ մի քանի սնուցողական բաղադրամասերի պարունակությամբ և պետք է օգտագործվեն միայն հատուկ վիճակ ունեցող երեխաների համար՝ բժշկի և դիետոլոգի հսկողությամբ:

Հետագա կաթերը վաճառահանվում են ավելի մեծ տարիքի երեխաների համար (վեց ամսականից մեծ): Հետագա կաթերն անհրաժեշտ չեն: Վեց ամսականից հետո կարելի է օգտագործել որոշ կաթնամթերքներ, իսկ անհրաժեշտության դեպքում նաև սնուցողական հավելումներ տալ: