Պաթոգենություն ասելով հասկանում ենք միկրոօրգանիզմի յուրահատկությունը, հիվանդություն առաջացնելու ունակությունը։ Մանրէի պաթոգենությունը կախված է հարուցիչի տեսակից։ Մանրէն կարող է պաթոգեն լինել ինչպես մեկ կենդանու կամ մարդու (մոնոպաթոգենություն), այնպես էլ շատ կենդանիների և մարդկանց նկատմամբ (պոլիպաթոգենություն)։ Մարդկանց նկատմամբ մանրէների պաթոգենությունը բաժանվում է պարտադիր, պայմանական և սապրոֆիտների պաթոգենության:
